La Corte dei Conti Europea ha criticato come sono stati usati i fondi europei per sei progetti di costruzione di aree portuali, tra cui quello di Marina di Ragusa. Nel caso della struttura costruita presso lo Scalo Trapanese la Corte dei Conti ha relazionato che non ha avuto un impatto sul sistema dei trasporti, obiettivo originale del finanziamento europeo, ovvero oltre 15 milioni di euro.